Por razones de seguridad se suele desactivar el acceso root via SSH. Si queremos habilitarlo o deshabilitarlo debemos hacer lo siguiente:

# cd /etc/sshd
# vi sshd_config

Deshabilitarlo

PermitRootLogin no

Habilitarlo

PermitRootLogin yes

Despues de guardar los cambios reiniciamos el servicio SSH.
EN FREEBSD

/etc/rc.d/sshd restart

EN LINUX

/etc/init.d/sshd restart